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生物信息基础


某一 GenBank 数据库记录(记录 L13613) : 1)这是否为一条编码蛋白质的序列?如果是,该序列编码什么蛋白? 2)该序列分离自何种生物体? 答:这是一条编码叶绿体蛋白质的序列,编码叶绿体的结合蛋白,它分离于共生藻,甲藻。 这个是一个完整编码共生藻甲藻蛋白质序列的序列。
LOCUS SYMPCPLHC 1208 bp 的 mRNA 的线性 PLN 18-JUL-1994 定义共生藻。甲藻叶绿素的 mRNA,完整的 CDS。 入世 L13613 版本 L13613.1 GI:431732 结合蛋白;甲藻叶绿素。 源共生藻。 生物 共生藻。 真核生物;蜂窝状;甲藻,SuessialesSymbiodiniaceae; 共生。 参考文献:1(基地 1 到 1208) 作者诺里斯,BJ 和米勒的,DJ TITLE 的核苷酸序列的 cDNA 克隆编码的前体 甲藻叶绿素结合蛋白的甲藻 共生藻 [植物分子。生物学。24(4) ,673-677(1994) PUBMED 8155886

注释原始的源文本:共生菌。 (库:GT11 的 lambda)的 cDNA mRNA 的表达。 的特点位置/预选赛 源 1 .. 1208 /有机物=“共生藻” 。 / Mol_type =“表达” / db_xref =“类群:2950 “ / tissue_lib 的“拉姆达 GT11” CDS 2 .. 1099 / standard_name 的“PCP 大型强子对撞机蛋白质” /注=“前兆” / codon_start = 1 /产品=“甲藻叶绿素” / protein_id =“ AAA19814.1 “ / Db_xref =“GI:431733” /翻译=“MVRGARKAIAVGVAVAVACGLQKHLNFVPGPRHAAPVAAAAASM MMAPAAFADEIGDAAKKLGDASYSFAKEVDWNNGIFLQAPGKFQPLEALKAIDKMIEM GAAADPKLLKDAAEAHHKAIGSISGPNGVTSRADWDAVNAAIGRVVASVPKAKVMAVY

DSVTAITDPGVPAYMKSLVNGPDAEKAYQGFLEFKDVVEKNQVATASAPAVVPSGDKI GEAAKALSDASYPFIKDIDWLSDIYLKPLPGKTAPETLKAIDKMIVMGAKMDGNLLKA AAEAHHKAIGSIDATGVTSAADYEAVNAAIGRLVASVPKTTVMDVYNSMAGVVDSSVP NNLFSKVNPLDAVAAAKGFYTFKDVVEASQR“ transit_peptide 2。157 mat_peptide158 .. 1096 /产品=“甲藻叶绿素” /功能“结合蛋白” / standard_name 的“PCP 大型强子对撞机蛋白质” ORIGIN 1 catggtgcgtggagcaaggaaagctattgctgtcggagttgcggtggctgtcgcatgcgg 61 tctccagaagcacttgaatttcgtgcctgggcctcggcatgctgctccagtggccgcagc 121 agcagccagcatgatgatggctcctgcggcttttgctgatgagatcggcgatgctgcaaa 181 gaagcttggagatgcttcctactcttttgccaaggaagtggactggaacaatggcatttt 241 cctgcaggcccctggcaagtttcagcccttggaagctttgaaagccattgacaagatgat 301 cgaaatgggggcagccgcagatcccaagcttctgaaggacgcagcagaagcacatcacaa 361 ggccattgggagcatcagcgggccaaatggtgtgacttcgcgcgctgactgggatgcggt 421 gaatgcagccattggccgtgttgtcgcttcggtccccaaagcaaaggtcatggccgttta 481 cgattcagtgacagccatcacggaccccggagtgccagcgtacatgaagtccttggtgaa 541 cggacccgatgccgagaaggcctaccaaggattcctggaattcaaggatgttgttgaaaa 601 gaaccaggtggccacggccagtgctcctgcagttgtgccttctggagacaaaattggtga 661 agctgcaaaagccttgtccgatgcatcctaccctttcatcaaggacattgattggctgtc 721 agacatttacttgaagccgcttcccggcaagactgccccagagacgctgaaagccattga 781 caagatgatcgtgatgggcgcgaagatggatggaaacctcttgaaggcagcagcagaggc 841 acaccacaaggccattggcagcattgatgccactggtgtgacgtctgcggccgactacga 901 agctgtgaatgcagccattggccgcttggtggcatccgtgccgaagacaactgtgatgga 961 tgtgtacaattccatggccggcgtggttgattccagcgtccccaacaacctgttttcgaa 1021 ggtgaatccattggatgcagtggctgccgccaagggtttctacaccttcaaagatgttgt 1081 ggaggcttcccagcgctgaaagtgaagaccagcagcatgaagttgcgacatcgcttcaac 1141 atgctttagcagaacactttttaaattgttgtatagatacagaatgttacggacatctgc 1201 aacagttt

Symbiodinium sp. peridinin chlorophyll mRNA, complete cds GenBank: L13613.1 FASTA Graphics The following popper user interface control may not be accessible. Tab to the next button to revert the control to an accessible version.Destroy user interface controlGo to: LOCUS SYMPCPLHC 1208 bp mRNA linear PLN 18-JUL-1994

DEFINITION Symbiodinium sp. peridinin chlorophyll mRNA, complete cds. ACCESSION VERSION KEYWORDS SOURCE L13613 L13613.1 GI:431732 binding protein; peridinin chlorophyll. Symbiodinium sp.

ORGANISM Symbiodinium sp. Eukaryota; Alveolata; Dinophyceae; Suessiales; Symbiodiniaceae; Symbiodinium. REFERENCE AUTHORS TITLE 1 (bases 1 to 1208) Norris,B.J. and Miller,D.J. Nucleotide sequence of a cDNA clone encoding the precursor of the

peridinin-chlorophyll a-binding protein from the dinoflagellate Symbiodiniumsp JOURNAL PUBMED COMMENT to mRNA. FEATURES source Location/Qualifiers 1..1208 /organism="Symbiodinium sp." /mol_type="mRNA" /db_xref="taxon:2950" /tissue_lib="lambda GT11" CDS 2..1099 /standard_name="PCP LHC protein" /note="precursor" /codon_start=1 /product="peridinin chlorophyll" /protein_id="AAA19814.1" /db_xref="GI:431733" /translation="MVRGARKAIAVGVAVAVACGLQKHLNFVPGPRHAAPVAAAAASM MMAPAAFADEIGDAAKKLGDASYSFAKEVDWNNGIFLQAPGKFQPLEALKAIDKMIEM GAAADPKLLKDAAEAHHKAIGSISGPNGVTSRADWDAVNAAIGRVVASVPKAKVMAVY DSVTAITDPGVPAYMKSLVNGPDAEKAYQGFLEFKDVVEKNQVATASAPAVVPSGDKI GEAAKALSDASYPFIKDIDWLSDIYLKPLPGKTAPETLKAIDKMIVMGAKMDGNLLKA AAEAHHKAIGSIDATGVTSAADYEAVNAAIGRLVASVPKTTVMDVYNSMAGVVDSSVP NNLFSKVNPLDAVAAAKGFYTFKDVVEASQR" transit_peptide 2..157 mat_peptide 158..1096 /product="peridinin chlorophyll" /function="binding protein" /standard_name="PCP LHC protein" ORIGIN 1 catggtgcgtggagcaaggaaagctattgctgtcggagttgcggtggctgtcgcatgcgg 61 tctccagaagcacttgaatttcgtgcctgggcctcggcatgctgctccagtggccgcagc 121 agcagccagcatgatgatggctcctgcggcttttgctgatgagatcggcgatgctgcaaa 181 gaagcttggagatgcttcctactcttttgccaaggaagtggactggaacaatggcatttt 241 cctgcaggcccctggcaagtttcagcccttggaagctttgaaagccattgacaagatgat 301 cgaaatgggggcagccgcagatcccaagcttctgaaggacgcagcagaagcacatcacaa Plant Mol. Biol. 24 (4), 673-677 (1994) 8155886 Original source text: Symbiodinium sp. (library: lambda GT11) cDNA

361 ggccattgggagcatcagcgggccaaatggtgtgacttcgcgcgctgactgggatgcggt 421 gaatgcagccattggccgtgttgtcgcttcggtccccaaagcaaaggtcatggccgttta 481 cgattcagtgacagccatcacggaccccggagtgccagcgtacatgaagtccttggtgaa 541 cggacccgatgccgagaaggcctaccaaggattcctggaattcaaggatgttgttgaaaa 601 gaaccaggtggccacggccagtgctcctgcagttgtgccttctggagacaaaattggtga 661 agctgcaaaagccttgtccgatgcatcctaccctttcatcaaggacattgattggctgtc 721 agacatttacttgaagccgcttcccggcaagactgccccagagacgctgaaagccattga 781 caagatgatcgtgatgggcgcgaagatggatggaaacctcttgaaggcagcagcagaggc 841 acaccacaaggccattggcagcattgatgccactggtgtgacgtctgcggccgactacga 901 agctgtgaatgcagccattggccgcttggtggcatccgtgccgaagacaactgtgatgga 961 tgtgtacaattccatggccggcgtggttgattccagcgtccccaacaacctgttttcgaa 1021 ggtgaatccattggatgcagtggctgccgccaagggtttctacaccttcaaagatgttgt 1081 ggaggcttcccagcgctgaaagtgaagaccagcagcatgaagttgcgacatcgcttcaac 1141 atgctttagcagaacactttttaaattgttgtatagatacagaatgttacggacatctgc 1201 aacagttt //


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